中心采用二代高通量测序、三代高通量测序、PCR-DGGE等方法，对样本中微生物的DNA进行测定，并通过生信统计分析，对大量数据进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系；还可以通过实时荧光定量PCR方法，定量的研究肠道菌群，探讨微生物多样性，研究肠道微生物与环境间的相关关系；还可以通过厌氧培养，获得肠道微生物中的菌种，从菌株水平上研究肠道微生物的功能和作用。
从人体微生物组计划（2007年）到国家微生物组计划（2016年），美国酝酿了十年，
各国也对微生物组研究投入了大量努力。微生物组学研究发展非常快，肠道微生物组与人体的多种疾病相关联，
深刻影响了疾病的治疗和临床研究，包括体重、糖尿病、免疫系统、肠道疾病、代谢疾病、炎症、心脏病、
大脑神经系统等等，被认为是人体的“第二基因库”。
中心采用二代高通量测序、三代高通量测序、PCR-DGGE等方法，对样本中微生物的DNA进行测定，并通过生信统计分析，对大量数据进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系；还可以通过实时荧光定量PCR方法，定量的研究肠道菌群，探讨微生物多样性，研究肠道微生物与环境间的相关关系；还可以通过厌氧培养，获得肠道微生物中的菌种，从菌株水平上研究肠道微生物的功能和作用。
